Hace varios meses el hacker smealum logró acceder a unos datos escondidos en X/Y, y entre ellos estaban dos Mega-Evoluciones que han sido reveladas oficialmente por la revista CoroCoro de este mes: Mega-Latios y Mega-Latias.

Junto a ellos también han sido revelados otros dos Mega-Pokémon de la primera generación: Mega-Beedrill y Mega-Pidgeot.

• Mega-Beedrill: Mantiene los tipos Bicho/Veneno y adquiere la habilidad Adaptable. Aumenta su Ataque y su Velocidad.
• Mega-Pidgeot: Mantiene los tipos Normal/Volador y adquiere la habilidad Indefenso. Aumenta su Ataque Especial.

Igual que en los juegos originales, Latios es exclusivo de Rubí Omega mientras que Latias es exclusiva de Zafiro Alfa. También como pasó en los juegos originales, se podrá obtener el Tiquet Eon para viajar a la Isla del Sur para obtener a Latios o Latias que no aparezca en tu versión. Este tiquet se obtendrá mediante un código que saldrá en la próxima revista de CoroCoro en Japón. Se desconoce como lo repartirán en el resto del mundo.

Otra novedad es la de poder volar sobre Mega-Latios y Mega-Latias mediante la Flauta Eon. Con ella podremos sobrevolar libremente los cielos de Hoenn, pudiendo ir en cualquier dirección y variar la velocidad.

Gracias a esta nueva función, podremos encontrarnos con Pokémon salvajes entre las nubes de Hoenn, así como encontrarnos con Pokémon Legendarios como Dialga, Palkia, Reshiram o Zekrom en lo que se conoce como Lugares Místicos (マボロシのばしょ).