Hace cien años, la ciudad del desierto "Ciudad Désser" fue gravemente dañada por una batalla entre Pokémon. Todo empezó por culpa de un Pokémon. Sin embargo, el Pokémon fue encerrado por alguien, y la ciudad volvió a la normalidad, hasta nuestros días.

Ash, Pikachu y sus amigos continúan su aventura cuando se encuentran con Hoopa, el cual lleva unos "anillos que pueden invocar cualquier cosa", junto a una chica llamada Mary que cuida de Hoopa.

El travieso Hoopa comienza a invocar toda clase de objetos con sus anillos, incluso unos donuts para que todos puedan comer. Comienza a llamar a Ash y Pikachu "Saton" y "Pikan", respectivamente.Se hacen muy buenos amigos, y deciden viajar todos juntos.

Al llegar a Ciudad Désser, Ash y los otros conocen al hermano mayor de Mary: Barza. Pronto descubren que Barza tiene en su poder la "Vasija Castigo", la cual una vez encerró al Pokémon que destruyó la ciudad.

Un aire maligno comienza a salir de la botella, ya que con el paso del tiempo el sello se ha desgasado. De repente, ¡aparecen multitud de Pokémon legendarios! Groudon Primigenio, Kyogre Primigenio, Dialga, Palkia, Giratina y Kyurem... Pondrán a la ciudad en grave peligro.

Para proteger la ciudad, Hoopa hará aparecer más Pokémon legendarios de sus anillos. ¿Podrán Ash y sus amigos proteger la Ciudad Désser junto a los Pokémon legendarios invocados por Hoopa? ¿Qué se esconde tras el poder maligno de la "Vasija Castigo"?