En Hoenn te encontrarás con dos organizaciones enfrentadas por hacerse con el control: el Equipo Magma y el Equipo Aqua. Cada una cuenta con un jefe al mando al que sirven dos comandantes, hombre y mujer. Bajo las órdenes de estos dos, se encuentran los muchos Reclutas que llevan a cabo las labores rutinarias de la organización.

Mientras que en Pokémon Rubí Omega, es el Equipo Magma el que quiere hacerse con el poder necesario para lograr su objetivo, el Equipo Aqua es el que tiene un papel más importante en Pokémon Zafiro Alfa. ¡Pero en ambas versiones tú te verás en medio del conflicto!

Equipo Magma

Esta organización se encuentra bajo la dirección de Magno. Sus ayudantes directos son sus dos comandantes: Tatiano y Carola y, a las órdenes de estos, trabaja un gran número de Reclutas. Su objetivo es evaporar el agua de los océanos y aumentar la masa terrestre global.

Equipo Aqua

El Equipo Aqua está liderado por Aquiles. Justo por debajo de este en la cadena de mando están Matías y Silvina, sus dos comandantes. El resto de la organización lo forma un gran número de Reclutas. Su misión es inundar la tierra con lluvias torrenciales y expandir los océanos.