Mientras dormían, Ash se despierta al oír unos extraños ruidos. Al levantarse, una gran cantidad de camiones llegan y comienzan a instalar el circo rápidamente. Un mago baja de una camioneta y comienza a sacar de un cofre, agitando su varita mágica, varias esferas rosas muy grandes, mientras una mujer rubia las reubica con sus abanicos. Las esferas se transforman en trozos de madera formando un círculo enorme. Cuatro varillas salen del círculo, curvándose hasta tocarse en el centro; y con el movimiento de la varita del mago, una tela recubre todo dejando lista la carpa del circo. Ash y los demás se quedan sorprendidos al ver esto.

 

Una máquina instala las vías mientras avanza, mientras un tren avanza por éstas. Ash y el resto se encuentran jugando en unos autos de choque con distintas formas de Pokémon. Brock intenta sacar una cita con una chica (para variar…), pero alguien más lo choca y lo manda contra la pared.

 

El Equipo Rocket, disfrazados de payasos, reparten papeles invitando a la gente a que vean el espectáculo del Mago Butler. Ash toma uno de esos carteles, y se dan cuenta de que el mago Butler es el que levantó la carpa gigante.

 
 

El espectáculo comienza, Butler comienza sacando de su galera a varios Swablu que salen volando; luego apoya la galera boca abajo sobre una mesa y al levantarla aparece un Kirlia. El mago deja a Kirlia dentro de una caja y la cubre con una tela roja. Luego la incendia con su varita y al disiparse el humo rosa extraña roca entre sus manos. La roca comienza a brillar. Mientras los chicos se sorprenden, Max siente una voz que lo llama… Butler le agradece al público y les presenta a su asistente Diana y a sus Pokémon Kirlia y Mightyena.
 

 

Max vuelve a sentir la voz, pero está vez le pregunta: “¿Sientes la voz de la estrella?”. Max pregunta quién es, y la voz le responde: “Jirachi”. Él no espera un momento más y corre hacia el escenario, porque piensa que la voz viene de la roca que tiene la asistente del mago. Ash lo sigue junto con Pikachu para traerlo de vuelta. Al verlos, Butler les dice que ayudarán en el próximo truco. Ash, Pikachu y Max entran en una caja bien cerrada. Butler llama a Dusclops y le comenta al público que su Pokémon destruirá la caja cuando cuente hasta diez. Mientras cuenta, Ash, Pikachu y Max son llevados por debajo del piso hacia el otro extremo del salón. Dusclops destruye la caja, y del techo caen ramos de flores hacia el público.

 

Mientras volvían al escenario, el Equipo Rocket aparece en su dirigible y se llevan a Pikachu, Kirlia y Mightyena. Butler le indica al público que hará el último truco del día. Llama a Dusclops, que hace un ataque contra el dirigible del Equipo Rocket liberando a los tres Pokémon. Ash le ordena a Pikachu hacer un Impactrueno. Dusclops usa Bola Sombra y manda a volar al Equipo Rocket.

 

Al terminar la función, Butler les cuenta a nuestros héroes que Jirachi es un Pokémon que aparece cada mil años, y que puede conceder los deseos, pero que ahora está durmiendo. También les dice que solo puede estar en la Tierra por siete días mientras el cometa milenario esté visible, y que está escogiendo a un compañero de buen corazón para que lo proteja durante esos días. Todos se preguntan si Max será ese compañero, ya que él escuchó la voz de Jirachi. Butler le dice que no despertará sin un compañero, y le entrega la roca a Max.

Mientras caminan por las tiendas del circo, May se detiene en un puesto atraída por un amuleto en forma de estrella. El vendedor le dice que ese amuleto le concederá un deseo, durante los siete días que el Cometa Milenario sea visible debe doblar una punta del amuleto y pedir el deseo, y al séptimo día, el deseo se hará realidad. En la oscuridad del cielo, se ven fuegos artificiales con formas de Pokémon.

 

Ya de noche, las luces del circo se apagan. Ash y los demás, en los montes a las afueras del circo, esperan impacientes la aparición del Cometa Milenario, ya que es el primer día en donde el cometa se hará visible. Las nubes se disipan, y el cometa aparece. May se acuerda de su amuleto y pide un deseo mientras dobla la primera punta de la estrella. May nota que Max se ha quedado dormido. Se sienta junto a él y le canta una vieja canción de cuna que recitaba su madre. Mientras observaban el cometa, la roca que tenía Max comenzó a brillar repentinamente. La roca se elevó y se transformó en Jirachi. Max lo toma en sus brazos, y todos se presentaron. Diana llega hacia ellos corriendo y los chicos le cuentan lo sucedido. Ella se apresura y vuelve al circo para avisar a Butler, pero éste parece saberlo ya, y saca unos extraños artefactos del piso del escenario.

 
 

Max le pide a Jirachi un deseo: ¡Dulces! Jirachi se eleva y en un momento la camioneta donde estaban comenzó a llenarse de dulces (por mientras que desaparecían dulces de una de las tiendas del circo). Ash, May y Brock se peleaban porque querían ser los siguientes en pedirle un deseo a Jirachi. Butler y Diana llegan, ésta se da cuenta de que los dulces son los que estaban en el circo. May le ordena a Jirachi que regrese todo a como estaba antes, pero Jirachi no entiende bien y la envía dentro de la camioneta. Luego Jirachi se duerme en los brazos de Max, agotado.

 

Al otro día (el segundo día que es visible el cometa), Ash y Brock se disfrazan de payasos para salir a repartir volantes promocionando el show de Butler. Max, muy contento, se va con Jirachi y juegan juntos en todas las atracciones del circo. Mientras, el Equipo Rocket planea robar a Jirachi.

Cae el atardecer, un Absol observa el circo desde un monte. May llevaba una torre, y se tropieza con un trozo de madera. Ella se para del otro lado para evitar que se caiga la torre, y Max la ayuda. Pero Jirachi toma las gafas de Max y éste deja de sostener la torre para perseguirlo. May no soporta más y la torre se cae. Cuando por fin Max alcanza a Jirachi, el Absol aparece rompiendo un espejo y preparando un ataque. Max, con Jirachi en sus brazos, huye de Absol, quien le lanza ataque tras ataque. Butler menciona que Absol aparece cada vez que siente que está por ocurrir un desastre. May libera a Torchic y junto a Pikachu atacan a Absol, sin lograr causarle daño. Jirachi se da cuenta de que viene por él, y quita a Torchic y a Pikachu del medio, transportándolos fuera del circo. Butler presiona un botón en su bastón y Absol cae por una abertura en el piso. Luego vuelve a presionar un botón y Absol regresa, enjaulado. Kirlia es liberado y con un ataque hipnosis deja dormido al enjaulado Pokémon. Jirachi de vuelta se siente agotado, y se duerme.

 

Ya de noche, mientras todos duermen, May sale a pedirle su deseo al cometa mientras dobla la segunda punta de su amuleto-estrella. Cuando termina, observa a Butler caminar por el circo. Butler, dentro del escenario en donde realiza su espectáculo, introduce a Jirachi en una extraña máquina, que luego acciona. Luego trae a su mente un viejo recuerdo: Habla dirigiéndose a los ejecutivos del Equipo Magma. En un recipiente tiene un trozo del cuerpo de Groudon, con las intenciones de revivirlo, pero la máquina explota mientras se iniciaba.  Los ejecutivos le dicen que ya no lo necesitan, que prefieren buscar a Groudon ellos mismos.

 

Luego de recordar eso, Butler le ordena a Jirachi abrir su tercer ojo para poder obtener la energía del Cometa Milenario. Dusclops usa Psíquico y el ojo en la panza de Jirachi se abre, lanzado un destello hacia el cometa. El cometa dirige su energía hacia Jirachi, pero la máquina no soporta más y explota. Ash y los demás llegan al escenario, Max quita a Jirachi de la máquina; Jirachi le pide ir a las montañas. Diana no quiere seguir participando en los actos malvados de Butler, y les pide a los chicos que la sigan. Absol logra destruir su prisión y ataca al Dusclops de Butler. Éste libera a Mightyena, que persigue a la camioneta en donde ván nuestros héroes junto a Diana, y coloca un rastreador. El Equipo Rocket los vigila desde su típico globo, viendo que ésta es una buena oportunidad para robar a Jirachi.

 
 

Mientras Diana conducía, les cuenta a nuestros héroes que quizás Jirachi quiere volver a las montañas porque fue allí en donde Butler lo encontró. Les cuenta que Butler era un miembro del Equipo Magma, pero fue expulsado al fracasar en su intento de revivir a Groudon. Quería a Jirachi para poder obtener la energía del cometa milenario, y realizó todo ese espectáculo de magia para encontrar a un niño que pudiera despertar a Jirachi. Los chicos deciden ir a las montañas, que está a cuatro días de viaje. Butler, en el circo, se pregunta por qué Diana habrá hecho eso, si era la única que entendía sus sentimientos.

Comienza a transcurrir el tercer día en donde el cometa es visible. El terreno es muy agitado y los chicos deben aferrarse a la camioneta para no caerse. El rastreador se desprende de la camioneta. En la noche, mientras los chicos descansaban y comían alrededor de una fogata, May dobla la tercera punta de su amuleto. Al volver a la camioneta, Diana estaba triste, mirando uno de los volantes del show. Diana le cuenta a May que siempre había sido amiga de Butler, de niño buscaba sorprender a los demás; cuando Jirachi volviera a dormir por mil años, Butler volvería a ser la persona que ella había conocido. Absol los observa, desde lo alto de un monte.

 

El cuarto día en donde el cometa milenario es visible pasó sin muchas novedades, nuestros héroes continuaron su camino hacia las montañas, May dobló la cuarta punta de su amuleto y Max jugó felizmente con Jirachi.

En el quinto día, Max comenzaba a sentirse triste, sabía que pronto dejaría de ver a Jirachi. Cuando May doblaba la quinta punta de  su amuleto, Max corrió apresuradamente y se sentó en una roca mirando un enorme lago, triste. Ash se sentó a su lado e intentó explicarle, logrando levantarle el ánimo.

En el sexto día logran por fin llegar a las montañas. La vegetación allí es muy abundante y los Pokémon salvajes se ven muy felices. En la noche,  May dobla la sexta punta de su amuleto mientras Max y Jirachi juegan con una rama. Falta poco para que se separen, y Max no quiere desperdiciar un solo momento.

 

En el séptimo y último día en el que el cometa milenario es visible, nuestros héroes caminan por las montañas, hasta que se encuentran con Absol. Diana se da cuenta de que viene para ayudarlos, y lo siguen. Varios Pokémon del bosque los observan y los acompañan. Después de caminar durante casi todo el día, llegan a una oscura cueva, que según Diana es donde Jirachi ha dormido siempre. Jirachi comienza a levitar hacia el cometa, pero Max lo abraza muy fuerte, no quiere perder a su amigo. Jirachi se desprende de él y levita hacia el cometa, abriendo su tercer ojo. Jirachi le da a la Tierra la energía del cometa, es por eso que hay tanto verde en los alrededores.

Pero todo era una trampa: unos extraños aparatos capturan a Jirachi, y lo llevan a las manos de Butler. El malvado mago vuelve a introducir a Jirachi en la máquina que logra captar la energía del cometa. Ash y los demás no pueden hacer nada, se encuentran atrapados por un campo de energía producido por los aparatos de Butler, y los ataques de Pikachu no pueden hacer nada. Absol destruye estos aparatos liberando a los chicos, y un Flygon salvaje los ayuda también. El Flygon se ofrece muy amablemente a ayudarlos, y Ash junto a Pikachu y a Max se sube en el Pokémon dragón. Los rayos producto de la energía del cometa hacen un raro dibujo en el suelo. Butler libera a su Salamence y se monta en él para atacar a Flygon. Max y Pikachu son dejados en la plataforma en donde está Jirachi, y con un rayo es liberado. Flygon recoge a Max, Pikachu y Jirachi, que por suerte se encuentra muy bien. El Pokémon dragón los deja en tierra firme y se marcha. Pero todo el esfuerzo ha sido en vano, Groudon ha revivido.

 
 
 

Groudon destruye todo a su paso, y la vegetación se marchita. Absol lo ataca intentando frenarlo, pero Groudon lo absorbe con sus garras. Las espinas en el cuerpo de Groudon se convierten en tentáculos, se expanden y atrapan a varios Pokémon de la zona, absorbiéndolos. El Equipo Rocket también es absorbido.

 

Butler se da cuenta de que eso no era lo que buscaba, y se siente arrepentido. Diana se arriesga por él siendo absorbida por Groudon en lugar de Butler, no sin antes confesarle su amor. May y Brock son capturados también. Otro de los tentáculos de Groudon atrapa a Ash, Max, Pikachu y Jirachi, pero Jirachi evita que sean absorbidos al teletransportarlos. Groudon no se da por vencido y continúa persiguiéndolos, pero el Lanzallamas del Salamence de Butler los salva. Butler les cuenta que lo que Groudon busca es la energía de Jirachi.

Flygon reaparece llevando en su espalda a Ash y los demás, y protegiéndolos de Groudon. Butler les dice que tiene un plan: llevar a Jirachi de vuelta a su máquina para accionarla en reversa y quitarle la energía a Groudon. Ash desconfía de él, aunque sólo quiere rescatar a Diana. Uno de los tentáculos captura a Salamence, y Butler cae al vacío, pero Jirachi los teletransporta y los deja en tierra. Jirachi dice creerle a Butler.

 

Los chicos, montados sobre Flygon, distraen a Groudon mientras Butler acciona la máquina en reversa. Butler deja caer sin querer el tubo en donde se encontraba el trozo del cuerpo de Groudon al vacío, pero Ash lo toma a tiempo. Flygon y Salamence intentan detener a Groudon, pero son capturados. Butler no puede accionar la máquina ya que los temblores que causa Groudon al caminar lo tiran dejándolo en el borde de la plataforma. Ash acciona la máquina, y Groudon comienza a desvanecerse. Intenta atacar a Jirachi, pero Butler se interpone en su camino para evitarlo. Groudon es derrotado, y los Pokémon que había absorbido, junto a May, Brock, Diana y Butler, regresan a la tierra.

 

Jirachi les dice a los chicos que tiene un deseo: que le canten esa canción de cuna para que pueda dormir bien. Los chicos lo hacen, y Jirachi regresa a su milenario sueño. Max, con lágrimas en los ojos, promete no olvidarlo.

El Equipo Rocket está feliz, simplemente, por haber sobrevivido.

 

Al día siguiente, después de que todo pasó, Butler y Diana deciden quedarse para arreglar el desastre causado, plantarán árboles. Brock le pregunta a May qué sucedió con su amuleto. May lo había olvidado por completo, no dobló la última punta, pero está segura de que cumplirá su deseo ella misma. Antes de irse, Max siente la voz de Jirachi, que le dice que siempre lo recordará…

Luego comienza la canción del ending y los créditos, mostrando pequeñas escenas de nuestros héroes. Primero, son llevados amablemente por un hombre en su camioneta. Luego, observan las estrellas, encontrando formas de Pokémons. Después caminan por un jardín cubierto de flores amarillas, luego en unas rocas mirando el mar, y más tarde observando fuegos artificiales con formas de Pokémon. Y Mientras pasan las escenas, se muestran más estrellas formando Pokémon.