Pikachu es el único Pokémon inicial que podemos seleccionar, y acompaña al personaje fuera de su PokéBall. El rival comienza con Eevee, y los tres inciciales de Rojo/Azul pueden ser obtenidos a lo largo de la historia.
El rival evolucionará su Eevee (y afectará al resto de Pokémon de su equipo) dependiendo de las acciones que tomemos en el juego:
Jolteon: si ganamos al rival en el Laboratorio de Oak y ganamos tambien la batalla en la Ruta 22.
Flareon: hay que ganar una de las dos batallas, o perder en el Laboratorio de Oak y pasar de largo la Ruta 22.
Vaporeon: perdiendo en ambos combates: Laboratiorio de Oak y Ruta 22.
Los sprites frontales han sido actualizados para parecerse a los artwork de Ken Sugimori usados en el material promocional y las guías de Rojo/Azul, y algunos se parecen a los aparecidos en el Animé; Los sprites traseros son iguales a los juegos anteriores.
La gente que ofrece intercambios dentro del juego han modificado sus Pokémon.
Las MT y el subir de nivel ha variado un poco.
Un pequeño sistema de "Felicidad" ha sido implementado para comprobar como se siente Pikachu, y Pikachu se negará a evolucionar.
Los Líderes de Gimnasio han cambiado sus equipos, algunos son más parecidos a los que aparecen en el animé.
Algunos sprites de entrenadores han sido rediseñados. El personaje principal es más parecido a Ash Ketchum, y el rival se acerca más a Gary Oak. Brock y Misty tambien se parecen más a sus imagenes del Animé.
Se ha mejorado la compatibilidad con GameBoy Color (fuera de Japón) y la posibilidad de imprimir páginas de la Pokédex usando la GameBoy Printer.
Muchos fallos/errores han sido corregidos, y los Glitch Pokémon han cambiado a formas más raras.
Jessie y James están envueltos en la trama del Team Rocket, y suelen aparecer antes de combatir contra Giovanni. También reemplazan a los tres miembros del Team Rocket en la Torre Pokémon que tienen secuestrados al Sr. Fuji.
La Mazmorra Rara de Ciudad Celeste ha sido rediseñada.
Han añadido el minijuego Pikachus Beach, donde podremos hacer surfear a nuestro Pikachu,
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