Pokémon Puzzle League es un popular juego de puzles para Nintendo 64. Fue el único juego basado completamente en el animé y que no fue lanzado en Japón. Está basado en los clásicos puzzles del estilo Panel de Pon, pero aparte de los tradicionales puzzles en 2D, introdujo la novedad de los puzzles en 3D.

Jugaremos como Ash Ketchum tratando de llegar a ser el Maestro de la Liga del Puzzle. Esto se hace mediante el 1P-Mode, donde iremos derrontando a varios entrenadores y personakes del animé en modos VS. Hay 5 modos de dificultad, cada uno variando la velocidad y los tipos de bloques en juego.

Hay varios modos de juego: Time Zone, donde se tendrá que completar un puzzle antes de terminar el tiempo; Spa Service, en el que se tiene que llegar a cierto objetivo; y Puzzle University, donde se tendrá que completar un puzzle en cierta cantidad de movimientos. También hay el modo multijugador, permitiendo enfrentarnos a otros jugadores en modos 2D o 3D.