El objetivo en Pokémon Tower Defense es defender varios Carameloraro, Poké Balls o Fósiles de los Pokémon enemigos. Para ello, se tienen que colocar los Pokémon del equipo en el mapa y debilitar a los contrincantes.

Hay dos versiones del juego: Blue y Red. En cada una hay una serie de Pokémon que, como en los juegos originales, no aparecen en una pero sí en la otra. También hay ciertos Pokémon que aparecen más seguido en una versión que en la otra.

El juego es actualizado cada fin de semana con nuevos niveles, Pokémon, ataques o desafios. Será posible atrapar a los 151 Pokémon de la primera generación, aunque algunos de otras generaciones aparecerán como jefes, pero no podrán ser atrapados.

Algo curioso de este juego es la aparición de los Pokémon Shiny. Sólo hay un 0.1% de probabilidades de que aparezcan.

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